1. Sản xuất thực phẩm cho người và thức ăn cho gia súc
Lợi dụng hoạt tính phân giải xenlulôzơ người ta đã tận dụng các bã thải thực vật (rơm, rạ, lõi ngô, bã mía, xơ bông) để trồng nhiều loại nấm ăn.
Nước thải từ các xí nghiệp chế biến sắn, khoai tây, dong riềng có thể được dùng để nuôi cấy một số nấm men có khả năng đồng hoá tinh bột nhằm thu nhận sinh khối làm thức ăn cho gia súc.
Sản xuất tương dựa vào 2 enzim chủ yếu của nấm mốc và vi khuẩn nhiễm tự nhiên hoặc cấy chủ động vào các nguyên liệu: amilaza phân giải tinh bột (trong xôi hoặc ngô) thành glucôzơ và prôtêaza phân giải prôtêin (trong đậu tương) thành các axit amin.
Muối dưa, muối cà là quá trình sử dụng vi khuẩn lên men lactic, chuyển hoá một số đường đơn chứa trong dưa, cà thành axit lactic.
Đặc biệt, con người sử dụng amilaza từ nấm mốc để thuỷ phân tinh bột dùng trong sản xuất rượu:
Tinh bột Glucôzơ Êtanol +
2. Cung cấp chất dinh dưỡng cho cây trồng
Nhờ các hoạt tính phân giải của vi sinh vật mà xác các động vật và thực vật trong đất được chuyển thành chất dinh dưỡng cho cây trồng. Do đó, chính vi sinh vật tạo nên độ phì nhiêu của đất. Đây cũng là cơ sở khoa học của việc chế biến rác thải thành phân bón.
3. Phân giải các chất độc
Muốn tăng năng suất cây trồng, người ta phải sử dụng các chất trừ sâu, diệt cỏ, diệt nấm. Đây là các chất do con người tổng hợp ra và thường độc đối với người và động vật. Rất may, nhiều vi khuẩn và nấm có khả năng phân giải các hoá chất độc nói trên còn tồn đọng trong đất.
4. Bột giặt sinh học
Để tẩy sạch các vết bẩn (bột, thịt, mỡ, dầu, xenlulôzơ…) trên quần áo, khăn bàn, chăn màn… người ta thêm vào bột giặt một số enzim vi sinh vật như amilaza, prôtêaza, lipaza, xenlulaza…
5. Cải thiện công nghiệp thuộc da
Để tẩy sạch lông ở bộ da động vật, trước đây người ta phải sử dụng các hoá chất vừa kém hiệu quả, vừa gây ô nhiễm môi trường. Việc sử dụng các enzim prôtêaza và lipaza từ vi sinh vật thay cho hoá chất không những làm tăng chất lượng của da mà còn tránh được các ảnh hưởng xấu đến môi trường sống.