Khi tiếp xúc với các chất dinh dưỡng có phân tử lớn như axit nuclêic, prôtêin, tinh bột và lipit… (chứa trong xác của động vật và thực vật) không thể được vận chuyển qua màng sinh chất, vi sinh vật phải tiết vào môi trường các enzim thuỷ phân các cơ chất trên thành các chất đơn giản hơn. Trong trường hợp này, quá trình phân giải ngoại bào có ý nghĩa đồng hoà quan trọng đối với tế bào.
1. Phân giải axit nuclêic và prôtêin
Để phân giải các axit nuclêic và prôtêin, vi sinh vật tiết ra các enzim nuclêaza (phân giải ADN và ARN thành các nuclêôtit) và prôtêaza (phân giải prôtêin thành các axit amin).
2. Phân giải pôlisaccarit
Các loại pôlisaccarit tự nhiên khá phong phú và đa dạng. Để đồng hoá được các cơ chất trên, vi sinh vật tiết ra các enzim amilaza phân giải tinh bột thành glucôzơ, xenlulaza phân giải xenlulôzơ thành glucôzơ và kitinaza phân giải kitin thành N-axêtyl-glucôzamin.
3. Phân giải lipit
Để thu được nguồn cacbon và năng lượng từ lipit, vi sinh vật tiết vào môi trường enzim lipaza phân giải lipit (mỡ) thành các axit béo và glixêrol.